만약 대통령이 이송되어 온 법률안에 대하여 이의가 있는 경우에는 이의서를 붙여 국회에 환부하여 재의결을 요구할 수 있다(헌법 제53조 제2항). 위와 같은 대통령의 권한을 거부권이라고 하는 것이다. 대통령이 거부권을 행사한 법률안에 대하여는 국회는 다시 의결에 붙여야 하고, 이 경우에는 재적의원 과반수의 출석과 출석의원 3분의 2이상의 찬성으로 다시 의결을 하면 대통령의 공포 없이 바로 법률로서 확정이 되는 것이다(헌법 제53조 제4항).문제는 이번 특검법안이 국회 재적의원의 3분의 2가 찬성하는 가운데 만들어 진 것이라는 점이다. 따라서, 한나라당의 주장대로 본다면, 대통령이 거부권을 행사한다고 하더라도 종국적으로 국회의원이 전원 출석한다는 전제에서 볼 때, 재적의원 3분의 2가 찬성을 하면 바로 법률로서 확정이 되는 것이고, 위와 같은 요건하에서 이미 법률안으로 만들어져 정부에 이송된 것을 대통령이 거부권을 행사한다는 것은 국회가 가지고 있는 국민대표성을 무시하는 것이다.
반면에, 얼마의 찬성으로 법률안이 가결되었다고 하더라도, 헌법상 대통령이 이의를 제기할 수 있는 거부권이 있는 이상, 이를 행사하는 것은 정당한 권한의 행사이고, 대통령이 이의를 제기한다면 국회는 다시 의결을 하면 되는 것이라는 것이 청와대의 주장일 것이다. 이상과 같은 각자의 주장들을 볼 때, 우리 헌법의 형식적인 규정만을 놓고 본다면, 청와대의 주장이 일응 타당하다고 볼 수 있는 것이다. 하지만, 한나라당이 주장하고 있는 바와 같은 식의 논리 역시 전혀 배제할 수 있는 것은 아니라고 할 것이다. 국회는 대통령과 함께 국민의 직접투표에 의하여 민주적 정당성을 획득한 국가기관이고, 그 국가기관에서 압도적인 다수의 의사에 의하여 가결된 법률안이고, 특히 대통령 본인의 측근비리에 관한 사안에 대하여 거부권을 행사한다는 것은 실질적 의미에서 헌법적 정당성을 가진다고 보기는 어려운 면이 있는 것이다. 나아가, 동 특검법안이 검찰의 권한 행사에 대하여 권리분립이라는 헌법적 원리의 한계를 뛰어 넘은 것이라면, 이는 헌법기관 사이의 권한행사에 관한 분쟁의 문제가 되는 것으로, 만약 정부가 헌법재판소에 권한쟁의심판을 제기한다면, 입법의 한계에 관한 부분으로서 다루어 지게 될 것이다.
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