외부적으로는 KBS와의 ‘가짜 유기농 녹즙’공방이 치열하게 전개되고 있는 가운데, 국산 콩이라고 홍보한 제품에 수입산 콩을 사용했다는 의혹에 휩싸이고 있기도 하다.한국소비자보호원은 지난해 8월 “99년 유통되던 풀무원 제품이 수입콩을 사용했음에도 불구, ‘국산 콩 100% 사용’이라고 표시했다”며 공정위에 신고했다.이에 공정거래위원회는 지난 6월 “풀무원은 수입 콩을 쓰고도 국산 콩만 사용했다고 표기했다”며 표시 광고의 공정화에 관한 법률 위반으로 경고 조치를 내렸다. 이에 풀무원은 국산 콩만을 사용했다는 기존의 주장을 굽히지 않고 지난 8월 공정위를 상대로 서울고등법원에 경고 조치 취소 소송을 제기했다.

이와 함께 풀무원은 내부적으로 ‘장기파업’에 골머리를 앓고 있다. 풀무원 노조(의령·춘천)는 “장시간 노동과 저임금으로 혹사당하고 있다”며 지난 7월6일부터 파업에 돌입한 이래 100일이 넘도록 전국을 순회하며 파업투쟁을 전개하고 있다. 이에 대해 회사측은 지난 8월23일 직장패쇄를 단행하는 등 노사갈등이 극한으로 치닫고 있는 상황이다.여기에 민주노총 등 노동계에서는 회사측에‘노조와의 성실교섭’을 요구하며 풀무원 제품에 대한 불매운동을 전개하고 있다.