과학자 윌 로드만(제임스 프랭코)은 알츠하이머 병에 걸린 아버지(존 리스고)를 치료하고자 인간의 손상된 뇌기능을 회복시켜주는 ‘큐어’를 개발한다.
윌 로드만은 이 약의 임상실험으로 유인원들을 이용하고, 한 유인원에게서 어린 시저(앤디 서키스 분)가 태어난다. 윌 로드만은 자신의 집에서 시저를 키우게 된다. 가족같이 살고 있던 윌과 시저, 시간이 지날수록 시저의 지능은 인간을 능가하게 된다.
그러던 어느 날, 시저는 이웃집 남자와 시비가 붙은 윌의 아버지를 본능적으로 보호하려는 과정에서 인간을 공격하게 되고, 결국 유인원들을 보호하는 시설로 보내지게 된다. 그곳에서 자신이 인간과 다른 존재라는 것을 서서히 자각하게 되고 인간이 유인원을 어떻게 대하는지 보게 된 ‘시저’는 다른 유인원들과 함께 생존을 걸고 대 전쟁을 결심하게 된다.
영화 ‘혹성탈출’시리즈는 43년의 역사가 깃든 SF영화 고전이다. ‘혹성탈출: 진화의 시작’은 시리즈의 처음 시점으로 돌아가 인간이 어떻게 유인원의 지배를 받게 되었는지에 대한 궁금증을 해소시켜 준다.

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