시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처하면서, 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖게 된다. 이제 몇시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온이 인간 말살을 목적으로 프로그래밍 된 센티넬 무리에 의해 짓밟히게 될 것이다. 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 인간을 억압하고 착취하는 시스템에 맞서기 위해 매트릭스로 돌아간다. 그리고, 수소문 끝에 매트릭스의 심장부로 그들을 안내할 키메이커의 행적을 찾아낸 트리니티와 모피어스. 하지만 키메이커는 신출귀몰한 악당 트윈스에게 철저하게 감시당하고 있다.
한편, 에이전트 스미스는 네오에 대한 불타는 복수심으로 시스템에 불복종하게 되고, 그 결과 삭제될 위기에 처한다. 이제 그는 도망자의 신세가 되어, 계속 네오를 추적한다. 매트릭스의 내부 구조로 깊이 들어갈수록, 그리고, 인류의 운명을 좌우할 자신의 역할에 눈 떠 갈수록, 더 큰 저항과 더 무서운 진실에 직면하게 된다. 그리고 상상할 수 없는 불가능에 가까운 선택을 강요받는다. 하지만 그가 아니면 인류는 멸망할 위기. 그는 전인류의 목숨을 걸고 최후의 결전을 준비하는데….
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